Filipe Pereira iniciou os estudos musicais aos 9 anos, na Escola de Música do Coral de Fornos. Posteriormente ingressou na Escola Profissional de Música de Espinho, onde estudou com o professor Luís Carvalho e mais tarde licenciou-se na Escola Superior de Artes Aplicadas de Castelo Branco na classe do professor Carlos Alves. Através do programa ERASMUS, do qual foi bolseiro, teve a oportunidade de estudar no Lemmensinstituut em Leuven – Bélgica, com os professores Greet Severens e Eddy Vanoosthuyse. Estudou com Josep Fuster – Solista da Orquestra Sinfónica de Barcelona e Nacional da Catalunha (ONBC).
Participou em master classes com António Saiote, Carlos Alves, Luís Carvalho, Ednilson Nery, Josep Fuster e Enric Peréz Piquer.
Colaborou em formações como a Banda Sinfónica e a Orquestra de Jovens de Santa Maria da Feira onde se apresentou como solista, Orquestra Sinfónica do Porto Casa da Música, Orquestra Filarmonia das Beiras, Orquestra do Norte, Orquestra do Algarve, Orquestra Sinfónica da Póvoa de Varzim. Sob direção dos mais distintos maestros como, Osvaldo Ferreira, Joana Carneiro, Cesário Costa, Brian Schembri, Sokhiev Tougan, Manuel Ivo Cruz, Teodoro Aparício, Vasily Petrenko, Jan Cober, Douglas Bostock, Rafael Villaplana, Eugene Corporon, Francisco Ferreira, entre outros.
Em 2001 obteve o 3.º prémio ex-equo no Concurso Prémio Jovens Músicos da RDP (classe de música de câmara).
Participou nas V e VI edições do Festival de Música de Santa Maria da Feira, onde integrou a Orquestra do Festival. Em 2003 participou na XXI edição do Festival de Música de Curitiba, Brasil. Integrou várias edições do Festival Internacional de Viana do Castelo “Portugal e Estados Unidos” e do “Festival Internacional de Música de Maputo”.
Integra a Banda Sinfónica Portuguesa desde 2007, formação com a qual realizou inúmeros registos discográficos. Ainda com este agrupamento obteve o 1.º prémio no 60.º World Music Contest em Kerkrade – Holanda, e realizou uma digressão à China em 2014.
É membro fundador do trio “PORTriO” (clarinete, viola de arco e piano), formação que apresentou um trabalho discográfico em 2014.
Lecionou a disciplina de clarinete na Academia de Música e Dança do Fundão e Escola de Música Canto Firme de Tomar. Actualmente é professor na Escola de Música Óscar da Silva.